UNIMUDA menawarkan berbagai program akademik yang tersebar di beberapa fakultas. Walaupun jumlah fakultas dan program studi dapat bervariasi menurut sumber, secara umum UNIMUDA menyediakan:

Fakultas Keguruan, Ilmu, dan Pendidikan

Menawarkan program studi yang mendidik calon tenaga pendidik, seperti Pendidikan Bahasa Indonesia, Pendidikan Matematika, Pendidikan Ilmu Pengetahuan Alam, dan lainnya.

Fakultas Sains dan Teknologi

Program studi seperti Agribisnis, Akuakultur, Farmasi, Teknik Kimia, Teknik Sipil, dan lainnya yang mendukung pengembangan sektor teknologi dan inovasi.

Fakultas Ilmu Sosial dan Hukum

Di sini terdapat program studi seperti Hukum, Ilmu Pemerintahan, Akuntansi, Hubungan Internasional, Psikologi, dan Ilmu Komunikasi.

Fakultas Agama Islam

Fokus pada pendidikan keagamaan dan keislaman, misalnya melalui Program Studi Pendidikan Agama Islam.

Selain program-program reguler, UNIMUDA juga telah mengembangkan program-program unggulan seperti Pendidikan Profesi Guru (PPG). Program PPG ini merupakan inisiatif penting sebagai upaya untuk mencetak tenaga pendidik yang berkualitas, terutama di tanah Papua, dan menjadikan UNIMUDA sebagai satu-satunya perguruan tinggi swasta di wilayah Papua, Maluku, dan Maluku Utara yang menyelenggarakan program tersebut.